Tranh chấp nội tộc

Khi Thế tử về tới Gia Định thì xảy ra tranh chấp giữa Đỗ Thanh Nhơn và Lý Tài (tướng Tây Sơn, nay đã hàng nhà Nguyễn). Hai người này sẵn bất bình với nhau, nhân khi Tống Phước Hiệp, trụ cột của nhà Nguyễn, mới vừa chết đi, Tài bèn chỉ huy quân Hòa Nghĩa từ núi Châu Thới[Ghi chú 6] đánh úp quân Đông Sơn của Nhơn. Nhơn chống cự không nổi, phải đắp lũy từ sông Bến Nghé[Ghi chú 7] đến Bến Than[Ghi chú 8] để cố thủ. Đến đây Đông cung xin chúa cử Tham mưu Nguyễn Danh Khoáng đi dụ Lý Tài. Lý Tài không tin và bắt giam Danh Khoáng, lại cho quân đánh mạnh vào lực lượng Đông Sơn của Đỗ Thanh Nhơn ở Sài Gòn. Khi đó xa giá của Thế tử đến, Thế tử sai người mở cờ làm hiệu, cờ có sáu chữ:

Lý Tài trông thấy Thế tử, phủ phục lạy tạ, rồi đưa Thế tử về Dầu Mít. Mấy ngày sau Thế tử sai Nội tả Nguyễn Mẫn đi Sài Gòn úy dụ quan quân, chiêu an dân chúng.[16]

Ngày 11 tháng 12 năm 1776, Lý Tài rước Đông cung Thế tử về Sài Gòn, đóng ở chùa Kim Chương, ngoại thành Gia Định. Ngày 14 tháng 12, Lý Tài ép Nguyễn Phúc Thuần triệu tập các quan văn võ, tuyên cáo nhường ngôi cho Đông cung. Đông cung cho rằng sự thế đương ngặt nghèo, bất đắc dĩ phải vâng mệnh, xưng là Tân Chính vương, tôn Phúc Thuần làm Thái thượng vương.[17][18] Ông thăng Tôn Thất Chí làm Thiếu phó, Tôn Thất Xuân là Chưởng cơ, Lý Tài làm Bảo giá Đại tướng quân. Ngoài ra đều cho thăng trật theo thứ bậc.

Thái Thượng vương sau đó theo lời Nguyễn Ánh, định nương nhờ với Đỗ Thanh Nhơn ở Đông Sơn.[19] Lý Tài được tin, đem quân đến bức Thái Thượng vương dời ra Dầu Mít. Tân Chính vương không thể ngăn được, bèn khiến Trương Phước Dĩnh theo hộ giá. Ngày hôm sau lại rước giá trở về Sài Gòn. Như vậy nội bộ chúa Nguyễn lại chia ra thành hai phe: Tân Chính vương - Lý Tài và Thái Thượng vương - Vương tử Ánh - Đỗ Thanh Nhơn.[18] Điều này bị coi là rất tai hại cho nhà Nguyễn trong bối cảnh Tây Sơn đã tới rất gần.[20]

Tháng 4 năm 1777, Tây Sơn Nguyễn Huệ đem quân thủy bộ tiến đánh miền Nam. Tân Chính vương lưu Lý Tài lại giữ Sài Gòn, rồi tự đem quân tiến đóng ở Trấn Biên. Quân nhà Nguyễn liên tiếp thua trận, Tân Chính vương bàn việc với các tướng, rồi ông theo lời khuyên của Tham tán Nguyễn Đăng Trường, lại rút quân về Sài Gòn, để Tống Phước Long giữ Trấn Biên. Sau đó ông sai Lý Tài ra ứng chiến với Tây Sơn, nhưng Lý Tài lại đi nhầm vào căn cứ quân Đông Sơn của Đỗ Thanh Nhơn, và bị giết ở đó.

Cái chết

Sau cái chết của Lý Tài, hai phe của nhà Nguyễn giảng hòa và dựa lưng vào nhau cùng chống Tây Sơn. Trương Phước Thận đưa Tân Chính vương chạy về Tranh Giang, còn Thái Thượng vương đóng ở Tài Phụ (thuộc Ba Giồng). Chúa bảo với Tân Chính vương rằng:

Tháng 5 năm 1777, quân Tây Sơn chia làm 2 đường đánh cả Tranh Giang, Tài Phụ. Thái Thượng vương chạy ra Long Hưng.[Ghi chú 9] Quân Nguyễn thảm bại ở cả hai nơi, Tân Chính vương phải lui về Trà Luật, hội quân cùng Tống Phước Thiêm ở Ba Việt. Chúa sai Tống Phước Hựu giữ Mỹ Lung, Tống Phước Thiêm giữ Hương Đôi, Tống Phước Hòa lĩnh chư quân bảo vệ trận địa để chống giặc. Sau đó, Nguyễn Huệ thêm quân đánh Hương Đôi. Phước Thiêm chạy về Ba Việt.[22]

Nguyễn Phúc Dương thấy quân ít, thiếu lương định chạy vào Bình Thuận hợp binh với Châu Văn Tiếp nhưng chưa thành thì Tây Sơn tấn công Ba Việt, Tống Phước Hòa tự sát. Thấy không thể chống cự được, ông hứa với Nguyễn Lữ là sẽ nạp mình nếu quân và dân trong đồn không bị thảm sát. Nguyễn Lữ bằng lòng, nhưng chẳng bao lâu sau vào ngày 19 tháng 9 ông và 18 người đi theo đều bị giải về Gia Định và bị sát hại.[1] Gần một tháng sau, Thái Thượng vương cũng bị bắt và giết, nhiều người dòng họ chúa Nguyễn bị bắt cũng đều bị Tây Sơn thảm sát, trừ Nguyễn Ánh. Ngoài ra, cũng vì Lý Tài đã giúp đỡ chúa Nguyễn Phúc Dương mà quân Tây Sơn cũng giết chết nhiều người Hoa ở cù lao Phố và Gia Định. Ông ở ngôi chúa chưa tới 1 năm.